1959 yılından önce TFF UEFA’ya katılması için sadece federasyon kupası şampiyonunu göndermedi.

1955-56 İstanbul Profesyonel Ligi şampiyonu olan Galatasaray UEFA organizasyonlarına katılan ilk Türk takımı oldu.

Ertesi sezon sonunda Şampiyon Kulüpler Kupası’na Türkiye’den kimin gönderileceği tartışma konusu oldu. Beşiktaş, Federasyon Kupası’nın sahibi olarak hak iddia ederken, 1956-57 İstanbul Profesyonel Ligi şampiyonu olan Fenerbahçe ise bir önceki sezon Galatasaray’a verilen oynama hakkını kullanmak için başvuruda bulundu ancak bu başvuru sonuç vermedi ve TFF Beşiktaş’a UEFA’ya gitme hakkı tanıdı. Bu tartışmalar nedeniyle TFF gidecek kulübü UEFA’ya bildirmede geç kaldı ve Beşiktaş, tarihinde ilk kez katılma hakkı kazandığı UEFA Şampiyon Kulüpler Kupası’na gidemedi. Bir sonraki yıl federasyon kupasını bir kez daha kazanan Beşiktaş UEFA organizasyonlarına ilk kez katılabildi ve Yunanistan temsilcisi Olimpiyakos maça çıkmadığı için hükmen mağlup olarak Beşiktaş 1. turu maç oynamadan geçti.

1960 yılının başında bölgesel lig şampiyonlarının Milli Lig’e çıkma kararı alınmasıyla da Federasyon Kupası feshedilmiş oldu.

1956-1957 Sezonu UEFA Şampiyon Kulüpler Kupası Ön Eleme Turu
Dinamo Bükreş – Galatasaray (3-1 ve 1-2)

1957-58 Sezonu UEFA Şampiyon Kulüpler Kupası
TFF Beşiktaş’ın adını UEFA’ya geç bildirdiği için Beşiktaş turnuvaya alınmadı.

1958-59 Sezonu UEFA Şampiyon Kulüpler Kupası
Ön Eleme Turu: Beşiktaş – Olimpiyakos (Beşiktaş Hükmen Galip)
1. Tur: Real Madrid – Beşiktaş (2-0 ve 1-1)

1959-60 Sezonu UEFA Şampiyon Kulüpler Kupası
Ön Eleme Turu: Fenerbahçe – Csepel Budapest (1-1 ve 3-2)
1. Tur: Fenerbahçe – OGC Nice (2-1, 1-2 ve 1-5)