UEFA organizasyonu dışında olan Balkan Kulüp Takımları Kupası, UEFA turnuvalarına katılmayan, Balkan ülkelerinin takımları arasında düzenlenmiştir. 1967 yılında bu kupayı Fenerbahçe kazanarak Uluslararası turnuvalarda kupa kazanan ilk Türk takımı olmuştur.
Fenerbahçe futbol takımı UEFA organizasyonlarından 1964 yılında Kupa Galipleri Kupasında ve 2008 yılında Şampiyonlar Liginde Çeyrek Final oynarken, 2012 yılında ise Avrupa Liginde Yarı Final oynamıştır.
| Avrupa Ligi Sezon | Kademe | Ev Sahibi | 1.Maç | 2.Maç | Deplasman |
|---|---|---|---|---|---|
| 42) 2016-2017 | |||||
| Playoff | Fenerbahçe | 3-0 | 2-0 | Grasshoppers | |
| Grup A | Zorya Luhansk | 1-1 | 0-2 | Fenerbahçe | |
| Fenerbahçe | 1-0 | 1-0 | Feyenoord | ||
| Manchester United | 4-1 | 1-2 | Fenerbahçe | ||
| Son 32 | Krasnodar | 1-0 | 1-1 | Fenerbahçe | |
| 41) 2015-2016 | |||||
| Playoff | Atromitos | 0-1 | 0-3 | Fenerbahçe | |
| Grup A | Fenerbahçe | 1-0 | 0-0 | Ajax | |
| Celtic | 2-2 | 1-1 | Fenerbahçe | ||
| Fenerbahçe | 1-3 | 2-0 | Molde | ||
| Son 32 | Fenerbahçe | 2-0 | 1-1 | Lokomotiv Moskova | |
| Son 16 | Fenerbahçe | 1-0 | 1-4 | Braga | |
| 39) 2012-2013 | Grup C | Fenerbahçe | 2-2 | 1-0 | Marsilya |
| Mönchengladbach | 2-4 | 3-0 | Fenerbahçe | ||
| Limassol | 0-1 | 0-2 | Fenerbahçe | ||
| Son 32 | Bate Borisov | 0-0 | 0-1 | Fenerbahçe | |
| Son 16 | Viktoria Plzen | 0-1 | 1-1 | Fenerbahçe | |
| Çeyrek Final | Fenerbahçe | 2-0 | 1-1 | Lazio | |
| Yarı Final | Fenerbahçe | 1-0 | 1-3 | Benfica | |
| 38) 2010-2011 | Playoff | Paok | 1-0 | 1-1 | Fenerbahçe |
| 37) 2009-2010 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 5-1 | 1-1 | Honvéd Budapeşte |
| Playoff | FC Sion | 0-2 | 2-2 | Fenerbahçe | |
| Grup H | Fenerbahçe | 1-2 | 1-0 | Twente | |
| Sheriff Tiraspol | 0-1 | 0-1 | Fenerbahçe | ||
| FC Steaua Bucureşti | 0-1 | 1-3 | Fenerbahçe | ||
| Son 32 | Lille Métropole | 2-1 | 1-1 | Fenerbahçe |
| Şampiyonlar Ligi Sezon | Kademe | Ev Sahibi | 1.Maç | 2.Maç | Deplasman |
|---|---|---|---|---|---|
| 42) 2016-2017 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 2-1 | 1-3 | Monaco |
| 41) 2015-2016 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 0-0 | 0-3 | Shakhtar Donetsk |
| 40) 2013-2014 | 3. Ön Eleme | Salzburg | 1-1 | 1-3 | Fenerbahçe |
| 4. Ön Eleme | Fenerbahçe | 0-3 | 0-2 | Arsenal | |
| 39) 2012-2013 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 1-1 | 4-1 | FC Vaslui |
| 4. Ön Eleme | Spartak Moskova | 2-1 | 1-1 | Fenerbahçe | |
| 38) 2010-2011 | 3. Ön Eleme | Young Boys | 2-2 | 1-0 | Fenerbahçe |
| 36) 2008-2009 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 2-0 | 5-0 | MTK Budapeşte |
| 4. Ön Eleme | Partizan Beograd | 2-2 | 1-2 | Fenerbahçe | |
| Grup G | Porto | 3-1 | 2-1 | Fenerbahçe | |
| Fenerbahçe | 0-0 | 0-1 | Dinamo Kiev | ||
| Fenerbahçe | 2-5 | 0-0 | Arsenal | ||
| 35) 2007-2008 | 3. Ön Eleme | Fenerbahçe | 1-0 | 2-0 | Anderlecht |
| Grup G | Fenerbahçe | 1-0 | 0-3 | Inter | |
| Cska Moscow | 2-2 | 1-3 | Fenerbahçe | ||
| PSV Eindhoven | 0-0 | 0-2 | Fenerbahçe | ||
| Son 16 | Fenerbahçe 3-2 Penaltılarla | 3-2 | 2-3 | Sevilla | |
| Çeyrek Final | Fenerbahçe | 2-1 | 0-2 | Chelsea | |
| 34) 2006-2007 | 2. Ön Eleme | Fenerbahçe | 4-0 | 5-0 | B36 Torshavn |
| 3. Ön Eleme | Dinamo Kiev | 3-1 | 2-2 | Fenerbahçe | |
| 33) 2005-2006 | Grup E | AC Milan | 3-1 | 4-0 | Fenerbahçe |
| Fenerbahçe | 3-0 | 0-2 | PSV Eindhoven | ||
| Fenerbahçe | 3-3 | 0-2 | Schalke 04 | ||
| 32) 2004-2005 | Grup D | Fenerbahçe | 1-0 | 1-0 | Sparta Praha |
| Manchester United | 6-2 | 0-3 | Fenerbahçe | ||
| Fenerbahçe | 1-3 | 2-4 | Olympique Lyon | ||
| 31) 2002-2003 | 3. Ön Eleme | Feyenoord | 1-0 | 2-0 | Fenerbahçe |
| 30) 2001-2002 | 3. Ön Eleme | Glasgow Rangers | 0-0 | 1-2 | Fenerbahçe |
| Grup F | Fenerbahçe | 0-3 | 0-1 | FC Barcelona | |
| Fenerbahçe | 0-1 | 1-3 | Olympique Lyon | ||
| Bayer Leverkusen | 2-1 | 2-1 | Fenerbahçe | ||
| 26) 1996-1997 | Ön Eleme | Maccabi Tel Aviv | 0-1 | 1-1 | Fenerbahçe |
| Grup C | SK Rapid Wien | 1-1 | 0-1 | Fenerbahçe | |
| Fenerbahçe | 0-1 | 0-2 | Juventus | ||
| Fenerbahçe | 0-2 | 1-0 | Manchester United |
| Organizasyon | O | G | B | M | A | Y | P | Av |
| Şampiyonlar Ligi | 40 | 11 | 6 | 23 | 42 | 70 | 39 | -28 |
| Şampiyonlar Ligi Ön Eleme | 30 | 12 | 9 | 9 | 46 | 35 | 45 | 11 |
| UEFA Avrupa Ligi | 40 | 22 | 11 | 7 | 49 | 37 | 74 | 12 |
| UEFA Avrupa Ligi Ön Eleme | 10 | 6 | 3 | 1 | 20 | 6 | 21 | 14 |
| UEFA (Devam Eden Turnuvalar) Toplamı | 120 | 50 | 29 | 41 | 157 | 151 | 179 | 9 |
| UEFA Genel Toplamı | 216 | 80 | 44 | 92 | 270 | 322 | 284 | -50 |